O Capitão Nascimento (Wagner Moura) está de volta. Mas passados vários anos da primeira vez que o acompanhamos morro acima, ele agora não comanda mais a ação no campo, colocando sua cara para bater - ou, no caso, para levar tiro. Ele agora é Tenente-Coronel Nascimento, continua no BOPE e lidera os Caveiras, mas quem está na rua é o Capitão Mathias (André Ramiro), que há muito tempo deixou de ser o ingênuo aspira lá de trás. O cenário é crítico: Bangu 1 foi tomado e só a Tropa de Elite pode resolver a situação. Mantendo sua posição de que bandido bom é bandido morto, Nascimento quer mais é que eles acabem uns com os outros lá dentro. Mas no seu caminho está Fraga (Irandhir Santos), um ativista dos Direitos Humanos, que vê os métodos "não convencionais" dos Caveiras com um olhar crítico - e ele tem o apoio do governador do estado do Rio de Janeiro, que não quer repetir Carandiru e assim minguar suas chances em ano de eleição. E aí o bicho pega!
